普通又有些自卑的中学女生受人蛊惑为了自己的恋情决定成为了狩猎魔女的魔法少女，随后其优秀的天赋使其在魔法领域内日渐崭露头角。而由于数百年间“魔法少女”的滥用，观测着世界的某位魔法师发觉维持世界继续发展的因果平衡已被打破，决定只身一人消灭所有的魔法少女——而魔法与魔法少女的真相，以及自称为观测者的魔法师的真实目的，一切还尚不明了。世界树的种子已然悄然被种下，等待在前方的，究竟是罪与罚的终焉，还是救赎的辉光……