深受人类世界科技更新的影响，数码世界吸收了众多【未来】和【古代】的数据，因此诞生了新的数码主机【星主】和新的数码世界【赤县神】，但是数码世界突然出现了一种叫“涡律”的病毒，数码兽若是感染，将会变得残暴不仁，由此数码世界陷入了混乱，更是有不少数码兽趁乱逃到了人类世界。由此世界树联合一位神秘的人类科学家，制造了这些数码终端，将他们和一些特殊的数码蛋分别藏在了人类世界。展开了一场数码世界以及人类世界的保卫战……