城市破败依旧，也有更多新卷入的幸存者，不同的是出现了大量机械与肉体相糅合的怪物，且每个幸存者都得到了一个脑中拟人格（柴郡猫）对其进行引导。柴郡猫对这个世界的生存方法几乎了如指掌，告诉幸存者如何取得各种物资，但同时也怂恿自己服侍的幸存者将其他幸存者排除，一旦幸存者结盟各自的柴郡猫就会消失，而回到孤立的话柴郡猫则会再次出现。而第二周目的胜利方也再次集结扩大为爱丽丝同盟，继续违抗命运的授意寻找世界的出口。
与前两周目不同，这一周目足有30年的现实时间，且仍未见尽头。
在某个值得纪念的时刻，少女鹦踏上了她和所有人的旅途。
第一周目的通关者们再次醒来时，发现自己仍然处于这座城市之中，巨塔已经消失，城市破败不堪，更多的新面孔怀着相同的困惑一并出现。
两个人成为了先知，随后是两个军团旷日持久的殊死对抗，最后自然是血腥代价换来一方落败，争斗才得以暂告一段落。
不为人知的角落，真正的故事正在开始。
最初的一群人来到了这个世界，眼见的是设备完好却空无一人的城市，而城市中央有一座高入云霄的巨塔，只要靠近塔的周边就会被塔的机械警卫驱逐。
为了离开这片荒芜的世界，幸存者逐渐聚集起来形成组织，利用各自分发到的器械闯入了塔，试图寻找被困此处的真相，并和机械警卫发生激烈的交火。而作为冲突的结果，在通天塔的顶端，一个女孩失去了生命。
由此，炼狱开始了。
不加入同盟也不结队的幸存者的统称，他们的优势在于具有柴郡猫的全方位辅助，足以独自生存下去，但这也决定了他们必然是距离通关最远的一群人。不过正因为同盟对代理人的灭绝指令，代理人几乎都是独行，且依旧具有更详细的、来自塔的启示，追求“真•通关”的方法。
