城市破败依旧，也有更多新卷入的幸存者，不同的是出现了大量机械与肉体相糅合的怪物，且每个幸存者都得到了一个脑中拟人格（柴郡猫）对其进行引导。柴郡猫对这个世界的生存方法几乎了如指掌，告诉幸存者如何取得各种物资，但同时也怂恿自己服侍的幸存者将其他幸存者排除，一旦幸存者结盟各自的柴郡猫就会消失，而回到孤立的话柴郡猫则会再次出现。而第二周目的胜利方也再次集结扩大为爱丽丝同盟，继续违抗命运的授意寻找世界的出口。
与前两周目不同，这一周目足有30年的现实时间，且仍未见尽头。
在某个值得纪念的时刻，少女鹦踏上了她和所有人的旅途。
第一周目的通关者们再次醒来时，发现自己仍然处于这座城市之中，巨塔已经消失，城市破败不堪，更多的新面孔怀着相同的困惑一并出现。
两个人成为了先知，随后是两个军团旷日持久的殊死对抗，最后自然是血腥代价换来一方落败，争斗才得以暂告一段落。
不为人知的角落，真正的故事正在开始。
最初的一群人来到了这个世界，眼见的是设备完好却空无一人的城市，而城市中央有一座高入云霄的巨塔，只要靠近塔的周边就会被塔的机械警卫驱逐。
为了离开这片荒芜的世界，幸存者逐渐聚集起来形成组织，利用各自分发到的器械闯入了塔，试图寻找被困此处的真相，并和机械警卫发生激烈的交火。而作为冲突的结果，在通天塔的顶端，一个女孩失去了生命。
由此，炼狱开始了。
不加入同盟也不结队的幸存者的统称，他们的优势在于具有柴郡猫的全方位辅助，足以独自生存下去，但这也决定了他们必然是距离通关最远的一群人。不过正因为同盟对代理人的灭绝指令，代理人几乎都是独行，且依旧具有更详细的、来自塔的启示，追求“真•通关”的方法。
第三周目的组织，其原型为红组，但成员更多，层次结构更复杂，且拥有巨大的基地，可以说俨然达到了国家的规格，爱丽丝同盟招收一切愿意参与推进通关进程的幸存者，包括旧日黑组的敌人。加入爱丽丝同盟的唯一试炼就是抵御对柴郡猫的依赖，信任其他幸存者，但同盟却只有一条要求极为铁腕：追杀所有手腕上有发光裂痕的幸存者。
（进入三周目的莱萨被塔抹消了有关真•通关方法的记忆，却和其他一起通关二周目的幸存者一样，记得红组首领（自己）的死亡与通关之间的关联，再加上一周目通关的经历，转而认为实现所有塔的代理人的死亡就是通关的通用方法，这种想法成为了同盟核心层的共识。）
谜之少女莉琪创立的幸存者武装组织，因莉琪的黑色洛丽塔而得名，莉琪虽然在二周目才加入却取得了巴别塔的认可，与莱萨不同的是，莉琪得到了白女王残存意识的直接指导，掌握了巴别塔的确切位置并代为保管白女王尚未制造完全的第二躯体——也就是默默。第二周目的莉琪从来无人猜透（哪怕是身为恋人的林纲也一样），但她的目的却很明显：实现白女王的重生并交还巴别塔的所有权，让所有幸存者在这个新生的世界中共同生活。这一主张（虽然没有明说方法）取得了与红组不同的另一群人的追随，使得组织的性质更接近一个宗教团体，成员普遍对曾经生活的现实感到不满而试图开拓新世界，目标在于抵住红组的入侵等待白女王的重生，从而将这个世界改造成“现实难以企及的乌托邦”。
莱萨创立的幸存者武装组织，因莱萨全身红色的装束而得名，此时莱萨已被巴别塔选为代理人之一故手腕处有裂纹符号，并从巴别塔得到启示需要找到塔的位置才能破解一切谜题并把所有幸存者送回现世，但塔却告诉她代理人还有一位，且“另一位”确切地知道塔的位置，这使得莱萨开始怀疑“另一位”的动机，而后与莉琪的几次交流破裂后，红黑两组正式开始武力冲突。由于莱萨一周目领导者与通关者的身份而赢得了包括大部分一周目老将在内的众多拥趸，组织性质接近游击军队，目标在于通关回到现实世界。
与生化巫毒一样都是平时难以识别的器械风格（因为不使用时什么都不用拿），一旦启动，使用者身边就会凭空出现一大团蒸汽，并从蒸汽中召唤出浮空的齿轮制蒸汽动力机械，听从使用者指令做出各种精密动作。召唤的过程近乎瞬发，大多数蒸汽械现界时间不长却可以立即再度召唤，也有一些可长期停留但相应的齿轮量与蒸汽量会较低。
器械的核心是微型反应炉，剩下的（体积更大的）部分则负责利用与释放反应堆中的能量，同时外形呈现浓浓的工业气息并佐以大面积红色。使用时器械会释放出各种形态的爆炸性的红色脉冲，主要作用（伤害）手段是不可控的冲击力与高温，因此热核在所有器械中属于破坏力最大且最难操控的一种，对使用者身体素质的要求也很高，但和其他原理难以解释的风格相比似乎出奇的原始。
值得一提的是，同盟内部有流言称当前爱丽丝同盟正是“热核党”的天下，甚至有一次狂热者在餐厅闹事，后立即被制止。
“随他们说去”语出第一个热核使用者，现任同盟最高统帅莱萨。
一种直到发动为止都无法识别的器械风格（个别例案甚至发动后都识别不了），使用者身体某一部分发生超规格增生并形成新的器官，发挥其生物能力，不使用时又可以回归原状。这些新形成的器官大多数都脱离了人类应有的范畴，与所谓的怪物更为接近。
同盟内的研究者发现，该类器械的使用者新器官切片中有大量活动的极微颗粒，并呈现金属反应，故认为这种器械的本体是纳米机器人。
“仔细想想，或许是我们太主观地判断器械的原理了，纳米机器人促进组织增生怎么会进化到长出熊的毛皮或是邪神的触手这种程度？这至少要干涉到基因层面了……不过也有这种可能：这种技术是把生命这个抽象概念当成一种现象来透彻研究并尽可能利用的，就像他们已经能把力学规律制作成外导力武器一样。”语出第一个生化巫毒使用者林纲。
幸存者中有一部分本身就具有超能力，且无一例外是与各种自然力量相关联，但他们对这种能力无法自由控制，似乎正是为了固定住这种天赋，这些幸存者分配到的器械都是些本身没有特别之处看起来和战斗生存毫无关系、却能以特定的方式制导这些超能力的工具（比如吉他、魔方还有……），而一旦脱离器械使用能力常常导致操控的自然力量过于庞大而暴走，并且伤害到释放人自己。
关于超能力的由来有多种说法，获得最多公认的一种认为，超能力与制导用道具合二为一才是一份器械，也就是说超能力也是由“主办者”赋予的。但同盟内部也有一支势力主张“具有超能力”是区别于其他幸存者的证明，并壮大到足以干涉同盟核心层决定。
