冯·阿奎那家族的历史可追溯至13世纪末，确系意大利南部阿奎诺（Aquino）地区的小领主，领地不大，以几座石塔和橄榄园为标志。并非显赫大族，但确实足够古老。家族宣称血缘可溯至兰道夫·阿奎那伯爵，即圣托马斯·阿奎那的旁支后裔。家族成员世代在教廷地方机构或邻近主教区担任中低层职务（如文书、税务官、小法官、圣物管理人），积累了处理教会事务的经验和人脉，也养成了对教廷的忠诚。
14世纪后期，教皇乌尔班五世决心整顿教会行政、强化对神圣罗马帝国境内教会的控制。他不仅需要忠诚的意大利心腹，也需要熟悉地方事务、但更易掌控的外来者。冯·阿奎那家族因“圣托马斯后裔”的光环、在教廷基层的服务经历以及对教皇的忠诚（？），被选中作为改革先锋的一部分。家族分支（次子及一支能力突出的旁系）被直接派遣至富庶且战略地位重要的萨尔茨堡大主教辖区。
家族初期面临本地贵族的猜忌和德意志文化的适应问题。家族通过联姻（娶当地小贵族之女）、展现能力（精于财务管理、拉丁文书和法律事务）以及高举圣托马斯旗帜（迎合萨尔茨堡大主教对正统神学的重视），逐渐站稳脚跟。他们主要负责管理教产、处理与大主教相关的法律文件、监督税收，成为大主教行政体系中不可或缺的“技术官僚”家族。
16世纪，宗教改革席卷德意志，萨尔茨堡大主教区成为天主教在南德的重要堡垒，同时也面临着内部新教徒的强烈冲击和外部新教诸侯的压力。信仰冲突激烈，社会动荡。此时，家族面临生死抉择。凭借与罗马教廷的历史渊源、在萨尔茨堡教会体系中的核心地位以及对圣托马斯神学遗产的守护者身份，他们毫无悬念地、坚定地站在了天主教阵营，成为大主教的关键支持者：提供资金、情报、武力和思想宣传。
家族对萨尔茨堡大主教的忠诚，也赢得了同样坚定捍卫天主教的哈布斯堡皇室的注意。他们被视为帝国南翼可靠的盟友。
于 16世纪50年代后期（宗教改革高潮过后，反宗教改革巩固期），为表彰其“在信仰最黑暗时刻展现出的磐石般忠诚与卓越贡献”，时任萨尔茨堡大主教（可能同时有皇帝斐迪南一世的授意）赐予家族：圣沃尔夫冈湖畔庄园 (Schloss Aquin am Wolfgangsee)，位于著名的圣沃尔夫冈朝圣地附近，风景、地理位置优越。庄园包含一座可改建成小型城堡的坚固宅邸、大片肥沃林地、湖岸渔场、以及一个小村庄的管理权。
家族族长被擢升为帝国男爵（Freiherr），成为神圣罗马帝国直属贵族。这意味着他们理论上只对皇帝负责，地位远高于一般的地方骑士或低级贵族。爵位文书上特意提及了“对神圣天主教信仰的英勇捍卫”和“效仿其伟大先祖圣托马斯维护真理的精神”。
获封庄园和爵位，这一事件标志着冯·阿奎那家族彻底从意大利南部的低级教士贵族转型为奥地利本土的天主教帝国贵族。阿奎那家族自此彻底站稳了脚跟。
